En 1855 comenzó su formación militar tras ser admitido en Saint-Cyr, que abandonó dos años después para ingresar en la École Polytechnique.

La misión estaba compuesta por quince miembros, entre ellos cinco oficiales, y estaba dirigida por el capitán Charles Chanoine.

Llegaron en enero de 1867 y entrenaron a las tropas del Shogun durante aproximadamente un año.

Brunet, sin embargo, optó por quedarse en Japón y permanecer fiel al bando de Shogun en la guerra.

Decidió ayudar al Ōuetsu Reppan Dōmei, conocido como la "Alianza del Norte", en su resistencia contra la facción imperial.

Solo me quedo, solo deseo continuar, en nuevas condiciones: los resultados obtenidos por la Misión, junto con el Partido del Norte, que es el partido favorable a Francia en Japón.

Pronto se producirá una reacción, y los Daimyos del Norte me han ofrecido ser su alma.

En lugar de ello, se dirigió a la flota del Shogunato anclada frente a Shinagawa, en la Bahía de Tokio, donde se reunió con André Cazeneuve, un compatriota que seguía siendo leal al Shogun.

Cuando Edo también cayó en manos de las fuerzas imperiales, Enomoto y Brunet escaparon, dirigiéndose primero a Sendai y luego a la isla norteña de Hokkaidō (entonces conocida como Ezo).

[4]​ Brunet también ayudó a organizar el ejército de Ezo, bajo un liderazgo híbrido franco-japonés.

Elogiando la capacidad de Hijikata como líder, dijo que si el hombre hubiera estado en Europa, seguramente habría sido un general.

En 1879, Brunet recibió el ascenso a jefe de escuadra y fue nombrado agregado militar en Roma.