Aparte de ser una dictadura militar vitalicia y hereditaria, el shogunato también era un sistema feudal.

Japón se encontraba dividida en cientos de territorios, cada uno de esos territorios o provincias se denominaba han y era gobernado por un daimyō, un señor feudal que gobernaba su territorio con amplios poderes y que solo debía rendir cuentas al shōgun, a quien estaba ligado por un juramento de lealtad.

Pero aquello también significó el comienzo de la decadencia del shogunato Tokugawa porque muchos sectores patrióticos consideraron que el régimen ya no podía proteger la independencia y la soberanía del país frente a la amenaza de las potencias occidentales (en plena expansión colonialista europea); y que la única forma de defender a Japón era derrocando al shogunato para así poder implantar reformas radicales para modernizar al país y hacerlo más fuerte ante sus potenciales enemigos.

El 17 de enero de 1868 Yoshinobu declaró la restauración ilegal y así comenzó la guerra civil, la Guerra Boshin, entre los partidarios del gobierno del Shōgun y los rebeldes agrupados en torno al Emperador Meiji.

Las fuerzas de Chōshū, Satsuma y Tosa (otro Han gobernado por un Daimyō rebelde) se unieron y constituyeron el Ejército Imperial, que marchó al encuentro del Ejército Shogunal en las afueras de Kioto.

Por su parte el Ejército Imperialista de Meiji, aunque en desventaja en número, tenía una importante ventaja en otros sentidos.

El comandante shogunal pensó que los imperialistas le cederían el paso al verse enfrentados a fuerzas superiores.

El caballo asustado se desmadró, sumiendo a la columna shogunal en el pánico y el desorden.

En Fushimi la fuerza de Satsuma, bien armada con artillería moderna, estaba situada en Gokôgû.

Las tropas del Ejército Shogunal se retiraron a Yodo (actualmente un barrio de Kioto) durante la noche.

Estas banderas con el brocado imperial también habían sido falsificadas unos meses antes por Ōkubo Toshimichi y almacenadas en el dominio de Chōshū y en la residencia oficial de Satsuma en Kioto hasta que la oportunidad apropiada se presentara.

Las fuerzas shogunales intentaron un contraataque, pero se vieron obligadas a retirarse en desorden.

Las derrotadas tropas shogunales intentaron entrar al Castillo de Yodo (en la actual Fushimi-ku).

El castillo se negó a abrir sus puertas, y las tropas shogunales tuvieron que retirarse al sur.

Clanes hasta entonces neutrales tomaron partido por la causa de la Restauración Meiji, y muchos han occidentales unieron sus fuerzas a las tropas imperiales.

Cuando las tropas shogunales en retirada llegaron a Osaka, ya su amo, el Shōgun Yoshinobu, había huido.

Esto fue un shock para las tropas shogunales; al verse abandonados por todos sus dirigentes, del Shōgun para abajo, su voluntad de luchar fue minada.

Aun así la guerra continuó, porque antiguas fuerzas shogunales ofrecieron una dura resistencia en diferentes lugares del país; pero era una lucha desesperada y a la defensiva, ya que carecían de líder y de una causa clara.

En poco más de un año las fuerzas imperiales sometieron y destruyeron todos los reductos de la resistencia shogunal, y pacificaron el país terminando con la guerra; lo que permitió al nuevo régimen imperial iniciar las radicales reformas que hicieron nacer al Japón moderno.