Enomoto hizo un último intento pidiendo a la Corte Imperial de Tokio que se le autorizara el desarrollo de Hokkaidō y poder mantener la tradición samurái, pero esta solicitud le fue denegada.

Durante la magistratura de Nagai Naoyuki, intentaron rechazar acuerdos con las legaciones extranjeras que se encontraban en Hakodate.

Su estructura era: el Comandante en Jefe Otori Keisuke siendo el segundo el capitán francés Jules Brunet, y dividido en 4 brigadas, cada una comandada por un oficial francés (Arthur Fortant, Jean Marlin, André Cazeneuve, y François Bouffier).

A su vez estas estaban divididas en 8 sub-brigadas, y cada una de ellas comandadas por un militar japonés.

Un oficial francés escribió que tenían a su cargo los organismos más importantes, "...aduanas, ayuntamientos, fortificaciones, ejército; todo pasa por nuestras manos.