Al volver a Satsuma, Kuroda se convirtió en un miembro activo de la alianza Satchō (Satsuma-Chōshū), que buscaba el derrocamiento del shogunato Tokugawa.

Posteriormente fue líder militar en la Guerra Boshin, y se hizo famoso por derrotar a Enomoto Takeaki, quien se había enfrentado a Kuroda en la batalla de Hakodate, años más tarde, y debido a la impresión causada en el combate, Kuroda pide que se perdone la vida de Enomoto quien había sido encarcelado.

Tras la instauración del gobierno Meiji, Kuroda se convirtió en un diplomático que trataría el asunto de Karafuto, territorio reclamado por Japón y el Imperio ruso en 1870.

Nervioso por la expansión rusa al este, Kuroda regresó a Tokio y pidió el rápido establecimiento de un asentamiento japonés en dicha región.

Kuroda invitó a expertos en agricultura de otros países (o-yatoi gaikokujin) que tuvieran un clima similar a Hokkaido, y con ellos aprendieron métodos de cosecha y producción exitosos en ese terreno.