En 886, el emperador Kōkō ordenó la construcción del Templo Nishiyama Goganji para bendecir a la nación y propagar las enseñanzas budistas, pero no llegó a verlo terminado, ya que falleció poco tiempo después.

El emperador Uda, en 888, fue quien ordenó la finalización de la construcción del templo[3]​ y decidió llamarlo "Ninna" por el año de reinado del fallecido emperador Kōkō.

Entre 888 y 1869, por tradición, cada emperador reinante envió a un hijo varón al templo para que asumiera el cargo de sacerdote principal cada vez que se generaba una vacante.

Fue reconstruido aproximadamente ciento cincuenta años más tarde gracias al hijo mayor del emperador Go-Yōzei, Kakushin Hosshinnō, quien obtuvo ayuda de Tokugawa Iemitsu, el tercer shogun del shogunato de Tokugawa.

La tradición de que los sacerdotes principales del templo fuesen aristócratas o miembros de la familia imperial culminó con el trigésimo monzeki, Junnin Hosshinnō, al final del período Edo.