Una vez llegado a Edo, se reunió con el jefe de la armada del shogunato, Katsu Kaishū.Kondō creó con los restos del Shinsengumi una nueva unidad a la que llamó el Kōyō-chimbutai (甲陽鎮撫隊), y partió con ellos de Edo el 1 de marzo.A continuación se dirigieron a Katsunuma, un cruce de caminos estratégico donde se unen el Kōshū Kaidō y el Ome Kaidō, actualmente parte de Kōshū, Yamanashi.Kondō Isami, que había logrado escapar a duras penas de la batalla, se encontró en abril, junto con los restos del Shinsengumi, rodeado por las fuerzas imperiales en Nagareyama y fue capturado.El 17 de mayo fue decapitado por orden del nuevo gobierno en Itabashi.
Jinshōtai
(迅衝隊) de Tosa.
Fila inferior, de izquierda a derecha: Ban Masayori,
Itagaki Taisuke
, Tani Otoi (niño), Yamaji Motoharu.
Fila central, de izquierda a derecha: Tani Shigeki,
Tani Tateki
, Yamada Heizaemon, Morimoto Sukeo.
Fila superior, de izquierda a derecha: Kataoka Kenkichi, Manabe Masayoshi, Nishiyama Sakae, Kitamura Shigeyori, Beppu Hikokurō.
Exposición pública de la cabeza de Kondō Isami. Periódico de 1868.