Las tropas de la armada imperial, bajo las órdenes del general Yamagata Aritomo, así como los marinos comandados por el almirante Kawamura Sumiyoshi, pronto los alcanzaron, rodeando a los rebeldes.

Habiendo participado en muchas batallas en el pasado y con mayor experiencia como estratega, Yamagata estaba determinado a no dejar nada al azar.

Las tropas imperiales pasaron varios días elaborando un sistema de diques, paredes y obstáculos para prevenir cualquier fuga.

Fundió varias estatuas budistas tomadas de los templos, utilizando el bronce obtenido para hacer balas.

Yamagata envió una carta a Saigō en donde le sugirió en términos amigables que terminara con esa masacre sin sentido y se rindiera, pero el código de honor del bushidō impedía a Saigō hacer tal cosa.

Se prohibió a las unidades ayudarse mutuamente sin el debido permiso; si una unidad retrocedía contra tropas enemigas en un enfrentamiento, las unidades vecinas debían atacar el área inmediatamente, matando tantos hombres como fuese necesario, incluso los propios, para prevenir el escape de Saigō.