Seis años después, Toyotomi Hideyoshi otorgó la aprobación de Nabeshima para derrocar a Ryūzōji y tomar el territorio para su propio linaje.
Durante esta batalla, sin embargo, se volvió y capturó al general del ejército occidental Tachibana Muneshige, obteniendo cierto grado de favor de Tokugawa Ieyasu y se le permitió mantener su feudo.
Aunque los puestos comerciales holandeses y chinos en Nagasaki fueron supervisados directamente por funcionarios del shogunato Tokugawa, el dominio fue en gran parte responsable de la defensa militar de la ciudad y el puerto.
El área también tenía una considerable población campesina cristiana, que estalló en protesta en la famosa Rebelión de Shimabara (1637–8).
El dominio se debilitaría aún más por un tifón en 1828 que le costó a Saga aproximadamente 10 000 vidas.
Cuando el shogunato relajó las restricciones sobre la construcción de grandes barcos, se hizo un pedido a los holandeses.
En 1866, la incorporación del cañón británico Armstrong Whitworth convirtió a los barcos en Nagasaki en la primera armada japonesa ("moderna") de estilo occidental.
Etō renunció al gobierno, sin embargo, junto con otros en 1873 como resultado de extensas disputas sobre la invasión de Corea, una acción que él, Saigō Takamori y otros apoyaron, pero que finalmente fue rechazada por el consejo.
Etō luego organizó la rebelión de Saga al año siguiente, liderando a 3000 hombres en un asalto contra el nuevo gobierno que fue rápidamente reprimido.
El territorio se divide hoy entre las prefecturas de Saga y Nagasaki.