En un principio tuvieron su cuartel general en Hongan-ji, pero más tarde se trasladaron a Ueno.Oomura Masujirō, el jefe las fuerzas imperiales, junto con Kaeda Nobuyoshi, era partidario de controlar a la facción pacifista y acabar con los elementos armados.Para evitar la retirada del Shōgitai planeó desplegar tropas en diversos lugares y limitar el acceso de las carreteras de Kandagawa, Sumidagawa, Nakasendō y Nikkō, dejando bloqueado así el acceso a Ueno.La batalla tuvo lugar bajo una intensa lluvia y el nivel del río Aizome empezó a subir.La ofensiva dirigida por Saigō Takamori desde Kuromonguchi fracasó en romper las defensas del Shōgitai, que les superaban en número, y sufrieron muchas bajas, pero las fuerzas gubernamentales de Chōsu, atacando desde Dangozaka, lograron romper sus defensas y forzaron al Shōgitai a retirarse a su cuartel general.
Representación de la batalla de Ueno en el templo Kan'ei-ji.
La ilustración titulada "El ataque de Honnō-ji". En realidad representa el ataque al templo Kan'ei-ji. Las tropas del Shōgitai, vestidas al estilo samurái, están a la izquierda, mientras que las imperiales, con uniformes de estilo occidental, están a la derecha.
Devastación en Ueno después de la batalla. Fotografía de 1868.
Monumento funerario al Shōgitai en el parque de
Ueno.