[2] Estos bautizaron al equipo como «Motagua», mismo nombre del río que, por algún tiempo, fue motivo de conflicto entre Honduras y Guatemala.
Luego en la final se enfrentó al Real España en el Estadio Francisco Morazán y a quienes derrotó por un marcador de 2-1 en penales.
[13] Los goles en este encuentro, fueron anotados por: Luis Alberto Reyes, en tres ocasiones y Ramón Maradiaga en una, descontando por el España Jimmy Bailey.
Pero en el partido decisivo, el FC Motagua se alzó con la Copa, al vencer a los «españolistas» 1-0, con gol de Álex Ávila.
[17] Los goles de ese partido los anotaron para FC Motagua: Óscar Lagos, Francisco Ramírez y Amado Guevara.
[34] Esta victoria, le permitió al FC Motagua disputar la final, contra su más enconado rival: El Club Deportivo Olimpia.
Después de este gol, el CD Olimpia se lanzó con todo en busca del empate, pero fue inútil ante una bien plantada zaga «azul».
Sobre el final del encuentro; Luis Guzmán convirtió el gol que selló la victoria Azul y la undécima copa para los dirigidos de Ramón Maradiaga.
Con este triunfo y con el global 6-3, el FC Motagua cumplió su primer objetivo: Llegar por primera vez a una final de un torneo internacional.
FC Motagua por su parte, tuvo la primera oportunidad de gol en un pase filtrado del capitán Guevara a Jocimar, pero este fue solventado sin problemas por el arquero «tico».
Con el pitazo final; aficionados, directivos, jugadores y cuerpo técnico del «Ciclón Azul» festejaron de forma eufórica su primer título a nivel internacional.
En las semifinales, a FC Motagua le tocó enfrentar al Club Deportivo Vida, perdiendo el primer partido por 1-0 en el Estadio Ceibeño.
[49] Sin embargo, la historia no terminaría allí, pues en el partido de vuelta, FC Motagua dominó al «león» los 90 minutos.
[50] El FC Motagua debutó en el Apertura 2014 el domingo 3 de agosto, y lo hizo visitando en Tocoa a Club Deportivo Real Sociedad.
En la segunda vuelta del Torneo, el cuadro azul tuvo un notorio ascenso y logró cobrarle la goleada de 5-0 a Real España, obteniendo el mismo resultado en Tegucigalpa.
El «azul profundo», a través de un hat-trick logrado por Rubilio Castillo (minuto 14, 57 y 90+3), le pasó por encima al «monstruo verde».
El equipo llegó directamente a semifinales donde enfrentó al Platense, el cual días antes se había coronado campeón de Copa.
El FC Motagua logró repeler el ataque de los leones, hasta el minuto 78 donde el equipo «albo» lograría el 0-1, pero eso no le bastó al Olimpia, porque FC Motagua ganaría la final en un marcador global de 2-1, manteniendo así su paternidad frente a los «albos» en finales siendo la sexta vez que ganaban en 8 series disputadas.
Apenas iniciando el partido, en una falta de tiro libre Alejandro Reyes puso un centro el cual recibió con un cabezazo el jugador Ever Alvarado anotando el 0 - 1 a favor del Olimpia.
En los minutos finales del partido, al 90 en una buena carrera Bengtson puso un centro el cual desafortunadamente anotaría un autogol el jugador que había puesto a ganar al FC Motagua, Pereira, terminando el partido 2 a 2 con una mala sensación para el FC Motagua luego de haber hecho una gran actuación para tener el título más cerca.
Olimpia gana ampliamente la serie particular entre los dos gigantes del balompié catracho, pero en las finales y fases decisivas Motagua tiene una paternidad muy marcada ante el cuadro blanco.
De sus divisiones menores —reservas— han surgido jugadores que después jugaron y destacaron en la Selección de Honduras, tales como Ramón Maradiaga,[66] Héctor Zelaya,[67] David Bueso, José Luis Cruz, César Obando,[68] Óscar Lagos,[69] Amado Guevara,[70] Ninrod Medina,[71] Júnior Izaguirre,[72] Jairo Martínez,[73] Iván Guerrero,[74] Noel Valladares,[75] Emilio Izaguirre,[76] Johnny Leverón[77] y Henry Figueroa[78] entre otros.
[86] El récord de máximo anotador o goleador lo había ostentado Antonio Obando durante treinta y dos años, siendo relegado en 2018 al segundo puesto en el podio.
En aquella justa mundialista, la selección hondureña se nutrió con cuatro jugadores motagüenses: Ramón Maradiaga, David Bueso, Héctor Zelaya y José Luis Cruz.
Durante la edición de Brasil 2014, dos jugadores motagüenses fueron convocados para representar a la selección hondureña en ese certamen: Juan Pablo Montes y Jorge Claros.
La convocatoria para la Copa de Oro 2000 fue la que contó con más jugadores motagüenses, nueve en total: Jairo Martínez, Amado Guevara, Iván Guerrero, Reynaldo Clavasquín, Milton Reyes, Ninrod Medina, Óscar Lagos, Hugo Caballero y Juan Manuel Coello.
Para aquella convocatoria, Motagua aportó seis jugadores: Milton Reyes, Óscar Lagos, Robel Bernárdez, Saúl Martínez, Noel Valladares y Júnior Izaguirre.
[129] Seis años después, durante el Torneo Clausura 1998, Ramón Maradiaga —conocido popularmente como «Primi»— alcanzó el primer bicampeonato en la historia de Motagua.
[136] Según sondeos, la mayor parte de la afición motagüense se encuentra ubicada en las regiones centro, sur, este y noreste del país.
Sin embargo, es el área del Distrito Central (Tegucigalpa y Comayagüela) donde se concentra la mayor cantidad de aficionados al club.