Milton «Jocón» Reyes arrancó su carrera con el Yoro Fútbol Club.

Posteriormente, en 1997, fichó por el Fútbol Club Motagua, donde conquistó una buena cantidad de títulos.

[1]​ Con el club estadounidense disputó 24 juegos, pero, un año después, una lesión de ligamento cruzado anterior lo dejó fuera del club.

A pesar de ello, el Dallas Burn decidió ficharlo al año siguiente y disputó 12 juegos en total, compartiendo camerino con un novato Ramón Núñez.

En 2005 regresó a Motagua, consiguió la Copa Interclubes Uncaf 2007 y se retiró en 2011.