Estos, bautizaron al equipo como ‘Motagua’, mismo nombre del río que por algún tiempo; fue motivo de conflicto entre Honduras y Guatemala.
Estos, han dirigido al 'Ciclón Azul' de una manera sabía, para hacerlo; un cuadro triunfador.
Los goles en este encuentro, fueron anotados por: Luis Alberto Reyes, en tres ocasiones y Ramón Maradiaga en una, descontando por el España Jimmy James Bailey.
Pero en el partido decisivo, el Motagua se alzó con la Copa, al vencer a los españolistas 1-0, con gol de Álex Ávila.
Los goles de ese partido los anotaron para Motagua: Óscar Lagos, Francisco Ramírez y Amado Guevara.
Después de esta final, la cosa cambió un poco para Motagua, porque esta vez se midieron al ‘Monstruo Verde’ del Marathón.
Para el partido de vuelta y decisivo, a efectuarse el 17 de diciembre del 2006, el presidente del Club Deportivo Olimpia; José Rafael Ferrari decidió llevárselo a San Pedro Sula.
Después de este gol, el Olimpia se lanzó con todo en busca del empate, pero fue inútil ante una bien plantada zaga motaguense.
Sobre el final del encuentro; Luis Guzmán convirtió el gol que selló la victoria Azul y la onceaba copa para los dirigidos de Ramón Maradiaga.
Finalmente; el cambio de estadio no pesó a favor del Olimpia, porque los miembros del plantel azul, hicieron todo el esfuerzo necesario para llevarse el título; contra todos los pronósticos y en frente de 38.256 espectadores, en su mayoría Olimpistas.
[54] Luego, el 6 de febrero, en el Clásico del fútbol hondureño, Motagua triunfó por dos goles a uno ante Olimpia.
[56] El Real España fue el único clásico rival equipo que Motagua no pudo derrotar en las vueltas regulares.
La goleada más grande obtenida por Motagua fue el 4-1 del 20 de abril frente a Deportes Savio.
En las semifinales, a Motagua le tocó enfrentar al Club Deportivo Vida, perdiendo el primer partido por 1-0 en el Estadio Ceibeño.
[60] Sin embargo, la historia no terminaría allí, pues en el partido de vuelta, Motagua dominó al león los 90 minutos.
El primer gol de Motagua llegó tras un potentísimo disparo del guatemalteco Guillermo Ramírez, el cual Noel Valladares no pudo contener y soltó la pelota en el área, y Jerry Bengtson la mandó al fondo de la red.
La siguiente jornada también fue muy mala, ya que se perdió el "Clásico del Fútbol Hondureño" ante Olimpia por 4 goles a 1.
En la segunda vuelta del Torneo, el cuadro azul tuvo un notorio levantón y logró cobrarle la goleada de 5-0 a Real España, obteniendo el mismo resultado en Tegucigalpa.
Motagua disputó, en la cuarta jornada del torneo, su primer clásico recibiendo en casa a Marathón el 14 de agosto.
El «azul profundo», a través de una tripleta lograda por Rubilio Castillo (minuto 14, 57 y 90+3), le pasó por encima al «monstruo verde».
Después de acabar segundo en las vueltas regulares, Motagua clasificaría a la semifinal de manera directa donde enfrentó al Real España donde el ciclón le ganaría 1-2 en la ida y empataría 2-2 en la vuelta para un global de 4-3.Mientras tanto el Honduras Progreso eliminó al Olimpia de la final, gracias a esto el equipo progreseño se sintió confiado por eliminar a un grande, en la ida jugada en el Progreso, el jugador Franklin Morales abriría el marcador al minuto 24 para los locales, sin embargo Marco Tulio Vega aprovechó un descuido del portero para anotar en el minuto 31 así empatar el partido.En el segundo tiempo Erick Andino pondría en ventaja a los azules al 63, Carlos Discua marcaría el 1-3 al minuto 69 y Marco Tulio Vega sellaría el resultado al 90+4 con un 1-4 En la vuelta disputada en el Estadio Nacional Erick Andino marcaría un doblete en los minutos 19 y 49 poniendo el marcador 2-0 y Carlos Discua marcaría el 3-0 en el minuto 74 sentenciando el partido y el marcador global 7-1, siendo el más abultado en la historia de las finales de la liga nacional, con esto Motagua no solo lograría su decimoquinto título sino también su tercer bicampeonato y el tercer título obtenido bajo la dirección técnica del argentino Diego Martín Vásquez.
Por más de 75 años, el Club Deportivo Motagua brilló con luz propia en los distintos torneos nacionales que participó.
No obstante, el cuadro del 'Azul Profundo' nunca tuvo logros a nivel internacional; pero ello cambió en el año 2007 cuando la institución motaguense se trazó un objetivo tan claro como el agua: "Ganar el torneo de la UNCAF".
Con este triunfo, Motagua cumplió su primer objetivo: Llegar por primera vez a una final de un torneo internacional.
Desde el pitazo inicial, Motagua salió a buscar el resultado que le diera la Copa y contra el Saprissa, pero los remates al arco del Motagua solo sirvieron para calentar las manos al arquero Fausto González.
El equipo de Jeustin Campos se paró bien atrás y e inquieto al marco 'Azul'.
Motagua por su parte, tuvo la primera oportunidad de gol en un pase filtrado del capitán Guevara a Josimar.
En las prostimerías del primer tiempo, Josimar tuvo última oportunidad de anotar pero el meta Gonzáles continuaba seguro.
Luego del gol motaguense, el técnico del Saprissa se preocupó y mandó al atacante Ronald Gómez, al terreno de las acciones, que estuvo cerca de empatar el marcador.
Con el pitazo final; aficionados, directivos, jugadores y cuerpo técnico del 'Ciclón Azul' festejaron de forma eufórica su primer título a nivel internacional