Liga Nacional de Honduras 1988-89

El formato del torneo se mantuvo igual que en la temporada anterior.

España se alzó el título tras vencer al C.D.

[1]​ Los diez participantes fueron divididos en dos grupos de cinco equipos cada uno; todos disputan la fase regular bajo un sistema de liga, es decir, todos contra todos a visita recíproca; con un criterio de puntuación que otorga: Clasifican a la disputa de la fase final por el título, el primer y segundo lugar de cada grupo más el mejor tercero.

En caso de un empate global, se nombrará campeón al equipo que hizo más puntos en toda la fase regular.

El descenso a Segunda División corresponderá al equipo que acumulara la menor cantidad de puntos, y que por ende finalice en el último lugar de la fase regular.