[3] En julio de 1528, Hernán Cortés fue recibido por Carlos I en el alcázar, tras la conquista del Imperio azteca.
Se cree que en esta iglesia están enterrados, flanqueando la tumba de la santa, los reyes Wamba y Recesvinto, el cual —junto a Chindasvinto — creó el Fuero Juzgo.
Siguieron las reformas interiores durante los reinados de Pedro I, llamado «el cruel» por sus detractores y «el justiciero» por sus seguidores, Enrique I, Juan II, Enrique IV y, posteriormente, los Reyes Católicos que acondicionaron la fachada oeste.
[6] Cuando Carlos I regresó a España desde Alemania, convocó en 1525 las Cortes en Toledo y se alojó en el Alcázar, donde discutió con la hermana de Francisco I de Francia su rescate, ya que estaba prisionero en Madrid.
La sobria fachada dividida en tres pisos de vanos repetidos, en torno a los cuales se concentra la decoración, y un gigantesco escudo imperial sobre la puerta reflejan el poder del constructor.
Años más tarde, en 1774, el arzobispo Francisco de Lorenzana propone que se inicie su restauración, la cual se llevó a cabo bajo la dirección del arquitecto Ventura Rodríguez.
Por esas fechas se realizaron los estudios necesarios para reedificar el edificio, pero la revolución política de 1854 paralizó las obras.
El año siguiente —1868— tiene lugar la revolución que destronó a la reina Isabel II y como consecuencia de ello las obras avanzaron con mucha lentitud.
Fue tomado ese día por las tropas al mando del general José Enrique Varela y visitado al día siguiente por Francisco Franco, jefe de las tropas golpistas.
Aún podrían verse balas perdidas de la Guerra Civil incrustadas en las paredes del alcázar.