Ya siendo rey, Alfonso lo nombró obispo de Palencia y se refirió a él como magistro nostro, viro nobile et Deum timenti.Con la complicidad de Alfonso, su hermano Sancho entra en Galicia en 1071[23] y, tras derrotar a su hermano García, lo apresa en Santarém y lo encarcela en Burgos hasta que es exiliado[14] a la taifa de Sevilla, gobernada por Al-Mutámid.[23] Las tropas de Sancho salen victoriosas, pero este decide no perseguir a su hermano.Estos hechos y sus consecuencias llegarían con el tiempo a ser considerados históricos por multitud de cronistas e historiadores, aunque en la actualidad la mayor parte de estos rechazan la historicidad del episodio.Las tropas que envía Alfonso son emboscadas al entrar en el castillo y mueren varios de sus principales magnates.[51] El choque marcó el comienzo de una nueva etapa en la península que duró unas tres décadas, en las que la iniciativa militar pasó a los almorávides y el reino de Alfonso tuvo que mantenerse a la defensiva; logró en todo caso retener Toledo,[52][53] objetivo principal de las acometidas almorávides.[50][58][47] Ese mismo año, el rey aplastó una revuelta en Galicia, que pretendía liberar a su hermano García.[69] En la segunda mitad del año y la primera del siguiente, se apoderaron de todas las taifas sureñas; Alfonso, que se había comprometido a ayudar al soberano de Sevilla, fracasó en este propósito.[73] Como precio del pacto, Alfonso había obtenido Lisboa, Sintra y Santarém, pero las perdió en noviembre de 1094,[74] cuando su yerno Raimundo, encargado de su defensa,[75] fue derrotado por el ejército almorávide que había tomado Badajoz poco antes.[75][e] La única buena nueva para Alfonso la proporcionó el Cid, que consiguió recuperar Valencia en junio de 1094 y vencer al ejército almorávide que avanzó contra él en octubre en la batalla de Cuarte;[74] esta victoria fijó la frontera oriental durante aproximadamente una década.[73] En 1093 Raimundo había recibido el gobierno de amplios territorios: toda la costa atlántica gallega y portuguesa al norte del Tajo.[77] Como colofón, Alfonso decidió desposar en las Navidades de 1094 a una lombarda, Berta, en vez de escoger nuevamente a una mujer francesa, medida que debió tomar para reducir la influencia borgoñona en León.[80] La noticia la recibió Alfonso VI cuando probablemente se dirigía a Zaragoza para prestar ayuda a su vasallo el rey al-Musta'in II en su enfrentamiento con el recién coronado Pedro I de Aragón.[88] Las derrotas no comportaron pérdidas territoriales ni incursiones enemigas y el rey volvió a Sahagún algo después, en septiembre u octubre.[89] Se cree que la corte pasó la Navidad en Santiago y no en León o Sahagún, como era habitual.[93] La reina debía llevar tiempo enferma porque el rey tardó poco en escoger nueva consorte.[95] Alfonso debió permanecer en Sahagún al menos hasta la Pascua, que se año cayó a finales de abril.[106] El rey pasó las Navidades de ese año en Sahagún y en mayo proclamó heredero a Sancho Alfónsez en León.[106] En 1108 las tropas del almorávide Tamim, gobernador de Córdoba e hijo de Yúsuf ibn Tasufín, se dirigieron nuevamente contra los territorios cristianos, pero la plaza elegida no fue Toledo, sino Uclés.[107][108][109] Alfonso se encontraba en Sahagún, recién casado, mayor y con una vieja herida que le impedía montar a caballo.[107][108][109] Los ejércitos se enfrentaron en la batalla de Uclés, donde las tropas cristianas sufrieron otra dura derrota y en la que, además, pereció el infante heredero al trono, lo que tuvo como consecuencia un parón de treinta años en la reconquista y la independencia del condado portugués.Según el obispo Pelayo de Oviedo, coetáneo del rey, en su Chronicon regum legionensium, Alfonso VI tuvo cinco esposas y dos concubinas nobilissimas.Según Jaime de Salazar y Acha, seguido por otros autores, entre ellos, Gonzalo Martínez Díez, contrajeron matrimonio en 1100, quedando legitimado el hijo de ambos que se convirtió en príncipe heredero del reino cristiano.[151][152] Gambra, sin embargo, se opone y dice que es «una argumentación extremadamente endeble, empezando por la referencia documental, escasamente significativa.[162][144] Su penúltimo matrimonio fue a principios de 1100 con Isabel[101] y «la polémica ha radicado durante siglos en si esta última era la mora Zaida o un personaje distinto».[165] Esta es, según Salazar y Acha, Zaida que después de su bautismo se llamó Isabel.Según el obispo Pelayo de Oviedo, una vez viuda del rey, Beatriz regresó a su patria.[175] Berta había muerto sin darle un heredero a finales de 1099; poco después Alfonso se casó con una francesa que le dio dos hijas, pero ningún varón.El propósito era colocar todos los restos reales en un nuevo santuario que se estaba construyendo entonces.Alfonso VI había asumido plenamente la idea imperial leonesa y su apertura a la influencia europea le había hecho conocer las prácticas políticas feudales que, en la Francia de su tiempo, alcanzaban su expresión más acabada.
