Murió en 1941, con tan solo veintiocho años, en el accidente de un avión del que era pasajero.
En 1938 se presentó voluntario para servir en la Legión Cóndor, la fuerza aérea alemana que intervino en la guerra civil española en apoyo de los sublevados del general Francisco Franco, conflicto en el que derribó quince aviones enemigos.
Cuando su cuenta personal sumaba 68 derribos, Mölders y su unidad, el Jagdgeschwader 51 (JG 51), fueron trasladados al frente oriental en junio de 1941 para participar en la operación Barbarroja.
[2] En Brandeburgo, Werner encontró una figura paternal en el capellán Erich Klawitter, quien le inculcó profundas creencias religiosas.
También perteneció a la Bund Neudeutschland in der katholischen Jugendbewegung, una organización de jóvenes católicos.
En esta época, Mölders conoció a Luise Baldauf, con quien contraería matrimonio unos años después, poco antes de su muerte.
En la Galería de Mármol de la nueva Cancillería del Reich se celebró un banquete de Estado formal para los soldados más condecorados y Mölders se sentó en la mesa 1 junto al general del aire Hugo Sperrle, los generales españoles Antonio Aranda Mata y Gonzalo Queipo de Llano, el Oberst Walter Warlimont, el Oberstleutnant Hans von Donat, el Leutnant Reinhard Seiler y el Oberfeldwebel Ignatz Prestele.
[23] El 22 de diciembre, Mölders lideró cuatro cazas Bf 109 del III./JG 53 que se enfrentaron a tres Hawker Hurricane sobre el río Sarre, entre Metz y Thionville, los cuales trataban de interceptar a una aeronave sin identificar.
Este número incluía un Bristol Blenheim, dos Curtiss P-36 Hawks, dos Morane-Saulnier MS.406 y cuatro Hawker Hurricane.
[26] Mölders fue hecho prisionero por los franceses, pero fue liberado tres semanas después tras el armisticio con Francia.
[13] Siendo prisionero de guerra, Mölders solicitó estrechar la mano del piloto que lo había derribado, pero le dijeron que Pomier Layrargues había muerto en combate solo media hora después de su encuentro.
Su cautiverio francés fue muy duro, pues había sufrido quemaduras en el rostro y además le robaron su Cruz de Caballero.
Cuando tiempo después un soldado francés fue condenado a muerte por golpear a Mölders, el piloto alemán se puso en contacto con Hermann Göring, ministro de Aviación del Reich, para pedirle clemencia y este se la concedió.
[30] En esas fechas el JG 51 estaba desplegado en Saint-Inglevert, Paso de Calais, Francia.
[32] Investigaciones recientes sugieren que en realidad Mölders fue herido en combate por el teniente John Terence «Terry» Webster, a los mandos de un Spitfire del Escuadrón N.º 41.
[36] Mölders regresó al frente a finales de septiembre y siguió sumando victorias contra cazas enemigos.
El 11 de octubre reclamó su derribo 43, un Spitfire del Escuadrón N.º 66 que pilotaba J. H. T. Pickering, quien pudo abandonar su aparato a tiempo y aterrizó herido en Canterbury.
Mientras una fuerte gripe le mantuvo alejado del frente durante varias semanas, su compañero de ala en más de sesenta misiones, Georg Claus, fue derribado sobre el río Támesis y murió.
[43] La cruz le fue entregada por el Führer en persona en la Guarida del Lobo en Rastenburg, uno de sus cuarteles generales.
[50] Mölders también voló de forma no oficial en varias misiones y dirigió activamente su antigua unidad, el JG 51, durante algunos meses.
Sin embargo, debido a que Mölders tenía la prohibición oficial de volar en combate, el primer avión soviético derribado nunca se le acreditó.
Intentando aterrizar en Breslau durante una tormenta, el aparato se estrelló provocando la muerte de Mölders, del piloto, Oberleutnant Kolbe y del ingeniero de vuelo, Oberfeldwebel Hobbie.
Mölders fue enterrado junto a Ernst Udet y Manfred von Richthofen en el cementerio Invalidenfriedhof de Berlín.
[57] Erich Klawitter, mentor del piloto en su infancia, ofició el enlace celebrado en Falkenstein, Taunus.
La prematura muerte del as de la aviación, justo después del suicidio de Ernst Udet, le presentó una gran oportunidad y su idea fue aprovechar la popularidad de Mölders en Alemania para distribuir esa carta en la que se aseveraba que las firmes creencias del aviador le habían llevado a oponerse al régimen nazi.
La carta estuvo muy bien concebida pues no pedía directamente oponerse al estado y ni siquiera mencionaba a los nazis por su nombre, a los que se refería como «los impíos», pero cualquier lector alemán sabía lo que quería decir.
[61] Esa carta falsa causó un gran revuelo entre las altas esferas del régimen nazi.
Una recompensa de 100 000 Reichsmark, ofrecida por el propio Hitler, no consiguió ninguna pista sobre su origen.
En 1998, con ocasión del 61.º aniversario del bombardeo de Guernica por la Legión Cóndor durante la guerra civil española, el parlamento alemán decidió que los miembros de aquella fuerza aérea, entre ellos Mölders, «ya no debían ser honrados».
Según el diario conservado por Heinrich Portmann, secretario del obispo, Mölders amenazó con renunciar a sus medallas si las afirmaciones de Von Galen se demostraban ciertas.