La ciudad se mantuvo bajo dominio alemán hasta el año 983, cuando fue reconquistada tras una rebelión eslava.

Durante los próximos 170 años el área fue gobernada por los príncipes eslavos de la tribu Hevelli.

Potsdam se convierte en la nueva capital, y la corte abandona la ciudad de Brandeburgo.

A finales del siglo XIX, Brandenburg an der Havel se convierte en un centro industrial muy importante en el Imperio Alemán.

Brandenburg an der Havel fue uno de los primeros lugares en el Tercer Reich, donde los nazis experimentaron con matar a sus víctimas con gas.

A continuación, se prepararon los asesinatos en masa en Auschwitz y otros campos de exterminio.

Aquí se encuentra su edificio más antiguo: la catedral de los Santos Pedro y Pablo.

La Gotthardtkirche (Iglesia de San Gotthardt) fue construida del mismo material sólo unos pocos años más tarde.

Frente a ella se encuentra una estatua del caballero Roland (o Roldán en español), esculpida sobre piedra arenisca.

El tráfico comercial utiliza en cambio el Canal del Silo que atraviesa las franjas orientales y septentrionales de la ciudad.

El ferrocarril de Berlín y Magdeburgo también atraviesa Brandenburg an der Havel.