Muchos sacerdotes tenían escasa formación, y las doctrinas espirituales de la Iglesia eran a menudo ignoradas.[2] Sus propios estudios, en la tradición del humanista renacentista, le habían llevado a predicar contra las injusticias y las jerarquías en la Iglesia ya en 1516, cuando todavía era sacerdote en Einsiedeln.Los sacerdotes fueron liberados del celibato y se eliminaron las opulentas decoraciones de las iglesias.En Glaris, Appenzell y en los Grisones, que tenían los tres una estructura más republicana, los municipios individuales decidían a favor o en contra de la Reforma.Tres años después, tras la elección de un nuevo consejo municipal, Calvino fue llamado a regresar.Los cantones alpinos de Uri, Schwyz, Unterwalden, Lucerna y Zug se mantuvieron incondicionalmente católicos.En cambio, las economías de las ciudades estaban más diversificadas, incluyendo una fuerte artesanía y gremios, así como un incipiente sector industrial.Sólo los lugares estratégicamente importantes, como el Freiamt o los que se encontraban en la ruta de Schwyz al valle del Rin en Sargans y, por tanto, a los pasos alpinos de los Grisones, fueron recatolizados a la fuerza.Con la victoria de Carlos V se rompieron las relaciones anteriormente estrechas con las ciudades protestantes de Suabia en el Sacro Imperio Romano Germánico: muchas ciudades, como Constanza, fueron recatolizadas y muchas quedaron bajo un régimen estrictamente aristocrático.Mientras que la Iglesia oficial permaneció pasiva durante los inicios de la Reforma, los cantones católicos suizos tomaron pronto medidas para mantener a raya al nuevo movimiento.En general, estas medidas tuvieron éxito: no sólo impidieron la propagación de la Reforma en los cantones católicos, sino que también hicieron que la Iglesia dependiera del Estado y, en general, reforzaron el poder de las autoridades civiles.Se opusieron a los planes del Cardenal Borromeo de crear un nuevo obispado en la Suiza central.Pronto le siguieron otros, y en 1579 se fundó en Milán una universidad católica para sacerdotes suizos, el Colegio helvético.Desde 1586, el duque de Saboya, Carlos Manuel I, había puesto a Ginebra bajo embargo.Estrasburgo, otra ciudad protestante, quiso unirse a la confederación en 1588, pero al igual que Ginebra unos veinte años antes, fue rechazada por los cantones católicos.Algunos de estos contratos se neutralizaban entre sí, lo que permitía a la confederación mantenerse neutral.Las Tres Ligas eran una federación de 48 municipios individuales que eran en gran medida independientes; su asamblea común no tenía poderes reales.Francia intervino por primera vez en 1624, pero no consiguió expulsar a los españoles de los Grisones hasta 1636.Hasta 1639, las Tres Ligas habían readquirido todo su territorio, recomprando las partes ocupadas por Austria.Incluso se les restituyeron sus territorios súbditos en el sur (Valtellina, Bormio y Chiavenna), aunque estos debían seguir siendo católicos bajo la protección de Milán.Al mismo tiempo, los territorios rurales sometidos se hicieron cada vez más dependientes (financieramente) de las ciudades.Aunque comúnmente se denomina Guerra de los Campesinos, el movimiento incluía también a los ciudadanos libres, que veían restringidos sus derechos también en las ciudades.A diferencia de lo que ocurrió en el Sacro Imperio Romano Germánico, donde las hostilidades se intensificaron y la rebelión fue sofocada por la fuerza, en la confederación solo hubo conflictos armados aislados.Las autoridades, ya implicadas en actividades reformistas o contrarreformistas, solo consiguieron someter estos levantamientos mediante concesiones.Hacia 1650, el orden absolutista estaba firmemente establecido y prevalecería durante otros 150 años como Antiguo Régimen.La intolerancia generalizada de la época, atestiguada por la Inquisición, amplificada por los conflictos entre protestantes y católicos, no dejaba lugar a los disidentes.Los anabaptistas, que llevaron la idea de derivar nuevas normas sociales del estudio directo de las fuentes bíblicas aún más lejos que los reformadores protestantes, sólo entraron en conflicto no sólo con las Iglesias establecidas sobre la cuestión del bautismo sino también con las autoridades civiles porque, al no encontrar ninguna justificación bíblica, se negaron a pagar impuestos o a aceptar cualquier autoridad.Estos juicios a menudo terminaban con sentencias de muerte (generalmente en la hoguera) para los acusados, que normalmente eran mujeres ancianas, personas lisiadas u otros marginados sociales.Hans Holbein el Joven trabajó hasta 1526 en Basilea; su estilo alto renacentista tuvo una profunda influencia en los pintores suizos.Ginebra, bajo el mandato de Calvino y su sucesor Theodore Beza, exigía su naturalización y la estricta adhesión a la doctrina calvinista, mientras que Basilea, donde se había reabierto la universidad en 1532, se convirtió en un centro de libertad intelectual.
Mapa de los trece cantones de la confederación suiza en 1530 (verde) con sus territorios sujetos separados (verde claro), condominios (gris) y asociados (marrón).
Mapa de la Confederación Suiza por Sebastian Münster (c. 1550).
