En 1376 la ciudad se incendió, lo que devastó una gran parte de la misma.

Schaffhausen estuvo sometida a la dominación de los Habsburgo, pero consiguió su independencia comprando su libertad al Imperio austríaco en 1415.

El primer tren llegó a la ciudad en 1857 con la apertura de la línea Winterthur-Schaffhausen.

También se fundó en la ciudad en 1868 una de las más famosas firmas relojeras suizas, IWC, cuyo eslogan es "Probus Scafusia", que significa en latín "bien hecho en Schaffhausen".

La más importante de las edificaciones es el Munot, una fortaleza construida en el siglo XVI y que posee un torreón circular con unas dimensiones impresionantes.