En 1522, regresó a casa, aceptando un puesto como director del colegio del claustro de Kappel, aunque sólo después de haber negociado condiciones especiales, lo cual significaba que no tenía la necesidad de hacer votos monásticos o asistir a misa.
Bullinger y otros dos pastores hubieron de abandonar la ciudad.
Aceptó la elección sólo después de que el Concejo le hubiera asegurado expresamente que se encontraba en su predicación "libre, independiente y sin restricciones", incluso si se requería la crítica al gobierno.
Bullinger rápidamente se estableció como un firme defensor del sistema eclesiológico desarrollado por Zwinglio.
En 1532, cuando Jud propuso hacer la disciplina eclesiástica totalmente independiente del poder secular, Bullinger sostuvo que la necesidad de un conjunto independiente de los tribunales de la iglesia termina cuando el magistrado se convierte al cristianismo, y que en un lugar con un magistrado cristiano, las instituciones del Antiguo Testamento eran apropiadas.
Sin embargo, Bullinger no sostuvo que la iglesia debe estar totalmente subordinada al Estado.