Según algunas leyendas, Merlín fue engendrado por un demonio, un espíritu corrupto que se unió ilícitamente a una monja.
Otras versiones sugieren que Merlín fue concebido por su madre sin ninguna intervención masculina.
En todo caso, parece ser que Merlín fue creado al principio para atraer a los humanos al lado oscuro que toda persona guarda, pero al crecer decidió hacer precisamente lo contrario: se convirtió en guía espiritual de su época, y en consejero de diferentes reyes, como el usurpador Vortigern, Aurelius Ambrosius, Uther Pendragon y el rey Arturo de Camelot.
Se considera a Merlín el mago más poderoso de la epopeya artúrica.
Acabó sus días en el bosque de Brocelianda (Bretaña), donde fue recluido en un árbol por su compañera Nimue, la Dama del Lago.
Se dice que solo gracias a Merlín pudo Arturo reinar tan sabiamente sobre Camelot.
Uther pidió ayuda a Merlín, que le proporcionó un brebaje que cambiaría su aspecto: sería idéntico a Gorlois, y podría entrar en Tintagel y acostarse con la duquesa, mientras el auténtico duque estaba peleando en el castillo de Dimilioc.
A la mañana siguiente, el duque Gorlois fue muerto en combate, de modo que Uther e Igraine pudieron casarse.
Merlín sacó al pequeño Arturo del castillo de su padre y lo llevó con Sir Héctor, quien lo crio como hijo suyo junto con Kay.
Merlín lo llevó a un sitio donde se hallaba una espada mágica, llamada Excalibur; se decía que quien sacara esa espada de la piedra sería por derecho rey de Inglaterra, sumida por entonces en el caos.
Cuando Arturo se convirtió en rey, Merlín le predijo que el hijo que había engendrado con Morgana lo destruiría (según otras versiones Arturo tuvo a Mordred con otra media hermana, Morgause).
Merlín se lo confesó, y la joven hechicera lo aprisionó para siempre en una prisión de cristal, o según otras versiones, en una roca o en un árbol, del que Merlín no podía salir, pero ella podía entrar y salir cuando quisiera.