Juan de Borja y Cattanei
Durante su ausencia había empezado en Italia la guerra del yeso, en la que Carlos VIII de Francia había cruzado la península y conquistado el Reino de Nápoles; para enfrentarle, los Estados Pontificios se habían aliado con los países del norte de Italia y con las principales potencias europeas en la Liga Santa, y ahora el papa planeaba combatir a los Orsini, que se habían alineado con los franceses.
Durante las primeras semanas la campaña fue un éxito para los pontificios: arrebataron a los Orsini Anguillara, Sutri, Sacrofano, Galera, Formello y Campagnano, pero fueron rechazados en su intento de tomar Bracciano, defendida por Bartolomeo d'Alviano, y cuando en enero de 1497 se enfrentaron entre Soriano y Bassano a las tropas que Vitellozzo Vitelli y Carlo Orsini habían reclutado con el apoyo económico de Francia, el duque de Urbino fue hecho preso, el de Gandía derrotado y sus tropas dispersas.
Acabada la cena, los dos Borgia salieron juntos en dirección al Palacio Apostólico, pero el duque se separó de su hermano llevando como única compañía un escudero y un hombre enmascarado con el que había sido visto recientemente; en la plaza de los judíos ordenó al escudero que le esperase allí durante una hora, y si en ese tiempo no había vuelto, se marchase solo.
La policía encontró al escudero malherido e inconsciente y a la mula del duque con los estribos cortados; el día 16 un comerciante de leña eslavo que tenía fondeado su bote a orillas del Tíber declaró que la noche del 14 había visto varios hombres arrojar un cuerpo al río;[c] un grupo de pescadores y buzos rastreó el cauce y encontró el cadáver del duque, degollado y con nueve heridas de arma blanca, todavía con sus ropas y treinta ducados en el cinturón.
Sin evidencias sobre la autoría del asesinato, los sospechosos eran numerosos: su cuñado Giovanni Sforza tenía pendiente un pleito con los Borgia en el que el papa intentaba la anulación de su matrimonio con Lucrecia Borgia; su hermano Jofré Borgia parecía celoso por la supuesta infidelidad de Juan con su mujer Sancha de Aragón; Antonio Maria Pico della Mirandola tenía una hija a la que el duque pretendía sexualmente; el duque de Urbino había tenido frecuentes desencuentros con él durante la campaña militar del invierno anterior; Ascanio Sforza seguía enfrentado con el papa por su política contra los grandes barones milaneses; el cardenal Federico Sanseverino había tenido recientemente una disputa en la que murió uno de sus mayordomos; y los Orsini culpaban a los Borgia de la muerte del patriarca Virginio Orsini.
