Diez días después, por mediación de su futuro suegro, el cardenal Rodrigo de Borja, luego papa Alejandro VI, se concertó nuevo matrimonio con otro de los hijos del futuro papa, Juan de Borja y Cattanei, medio hermano de Pedro Luis y su sucesor en el ducado de Gandía.

[1]​ De este matrimonio nacieron dos hijos:[2]​ La única descendencia patrilineal, es decir, de la filiación referida exclusivamente al padre, o agnaticia, que desciende por línea recta de varón en varón, de la familia Borja viene del matrimonio de Juan de Borja y Cattanei con María Enríquez de Luna y se encuentra en Ecuador y Chile.

Consiguió que su suegro, el papa Alejandro VI elevara la categoría de la iglesia principal de Gandía a colegiata.

Además cedió el derecho de patronato al duque y a sus descendientes y realizó obras (como el alargamiento de la nave).

Se convirtió en abadesa del convento en 1530 y falleció nueve años después.