En 1494, se casó con Jofré Borgia, hijo menor del papa Alejandro VI.
Sancha bordeaba los dieciséis y Jofré contaba con trece años.
Al parecer, vivió un romance con los hermanos mayores de su esposo, primero con Juan y luego con César Borgia.
Su hermano Alfonso fue brutalmente asesinado en 1500 por César Borgia, que estaba celoso de su influencia sobre Lucrecia.
A la vez que Sancha, considerada ahora una vergüenza política, fue encarcelada en el castillo Sant'Angelo en Roma, hasta el fallecimiento de Alejandro VI, en 1503.