Su relación duró largo tiempo y fue la única mujer de la cual el papa Alejandro reconoció a sus hijos, dando origen al linaje de los famosos Borgia.

En 1480 se desposaría por tercera vez con Giorgio della Croce; con quien tendría un hijo llamado Ottaviano (1482-1486).

Al de nuevo enviudar se casaría con Carlo Canale.

Su lugar fue ocupado por Julia Farnesio, de la familia de los Orsini, pero Alejandro VI siguió teniendo cariño hacia Vannozza tanto como a sus hijos.

Fue enterrada en la iglesia de Santa María del Popolo, donde reposaba su hijo Juan.