Al año siguiente ordenó ejecutar a sus hermanos Fernando y Julio por haber conspirado contra él.
Su alianza con Luis XII de Francia permaneció intacta incluso tras la paz que el papa Julio II firmó con Venecia.
En 1510, este papa lo excomulgó y declaró ilegítimo su poder sobre el territorio de Ferrara, anexionándolo a los Estados Pontificios.
Por un encargo suyo, Giovanni Bellini pintó su última gran obra: El festín de los dioses en 1514.
Su madre falleció al dar a luz y el recién nacido poco tiempo después.