Era hijo natural del duque de Ferrara Alfonso I de Este y su amante Laura Dianti.
En 1523 Alfonso I dio a su hijo Montecchio y lo incluyó en su testamento como feudo privilegiado para los cadetes de su casa.
[1] En 1569 el emperador Maximiliano II de Habsburgo elevó Montecchio a marquesado.
En 1532 Alfonso fue legitimado por el cardenal Innocenzo Cybo y al año siguiente su padre.
[2] Primero se casó el 3 de enero de 1549 con Giulia della Rovere (1525-1563), hija del duque de Urbino Francesco Francesco Maria della Rovere y Leonor Gonzaga, tuvieron los siguientes hijos: Tuvo un hijo natural: En 1584 se casó con Violante Signa pero no tuvieron otros hijos.