Posteriormente, lideró una corriente política disidente del Partido Liberal Radical Ecuatoriano, llamada Izquierda Democrática (ID).

En 1970 regresó al parlamento, permaneciendo hasta 1972, cuando se instauró la dictadura civil de José María Velasco Ibarra.

Su gobierno se enfocó en restituir los valores democráticos y liberales, realizando trabajo político de forma diplomática.

Actualmente, se encuentra parcialmente activo en la academia, haciendo apariciones esporádicas, debido a su avanzada edad.

Sin embargo, en su temporada debut en la Fórmula 2, con tan solo 21 años, se vio involucrado en un accidente en la Ronda de Spa-Francorchamps.

[14]​ En 1968, fundó el partido de tendencia social demócrata Izquierda Democrática bajo la influencia de Olof Palme de Suecia, las crecientes ideológicas francesas y el Partido Socialista Obrero Español (PSOE) (España), lo acompañaron en este sueño Manuel Córdova, Luis Alberto Costales, René Astudillo, Edmundo Vera, Andrés Vallejo, Octavio Mancheno, Juan Neira, Cira Carlota de Vera, Gustavo, Homero y Freddy Espinoza, Guillermo Ortega, Alejandro Flores, y otros compañeros que tuvo en Borja a su principal dirigente e ideólogo.

[15]​ Fue candidato presidencial de forma consecutiva en las elecciones presidenciales de 1979 por la recién formada Izquierda Democrática, no llegando a segunda vuelta, por lo que presentó su candidatura a diputado obteniendo un escaño.

[16]​ Lo intentó nuevamente en las elecciones presidenciales de 1984 por la ID en alianza con Pueblo, Cambio y Democracia.

Pasó a segunda vuelta, pero perdió con su rival político León Febres-Cordero Ribadeneyra del Partido Social Cristiano (PSC).

[16]​ Lo intentó nuevamente en las elecciones presidenciales de 1988 venciendo a Abdalá Bucaram en las dos vueltas con facilidad.

[2]​ Puso fin al autoritarismo y respetó a las otras funciones del Estado, con las cuales evitó enfrentamientos.

[19]​ Logró la desmovilización del grupo “Alfaro Vive” y su posterior reincorporación a la actividad política legal, erradicando la violencia armada.

Reactivó la flota pesquera industrial del Ecuador y construyó el terminal marítimo de Esmeraldas.

[21]​ Instituyó el Programa Nacional El Ecuador Estudia, para garantizar una permanente educación en los sectores marginados.

Desde la perspectiva de las ciencias sociales, Borja se esfuerza por compaginar en su Enciclopedia teoría y praxis política.