La Santa Sede abasteció muchas veces con tropas de mercenarios contratados para la ocasión, que vestían los mismos uniformes del ejército aliado.

Esta fuerza militar permanente consistía en una caballería noble (o incluso mercenaria), con una milicia romana, acompañados de mercenarios formados por ballesteros arqueros e infantería: si fuera necesario, se recurría a los aliados cercanos de Terni, Spoleto, Ancona, Perugia, etc.

La dirección militar fue confiada al enérgico cardenal español Gil de Albornoz que, entre 1353 y 1356 llevó a término la misión victoriosamente.

[2]​ Hasta entonces, la Santa Sede se había confiado en una compañía de mercenarios dirigida por Pietro Giampaolo Orsini formada por 800 caballeros y 200 infantes, estructurada en seis escuadras.

Junto a estos regulares, el gobierno pontificio había contratado tropas para tareas particulares y por períodos de tiempo limitados.

En 1517 el papa León X empleó a todos sus 10 000 hombres para retomar Urbino, usurpada de Francesco Maria della Rovere.

En 1641 el Papa Urbano VIII formó un ejército para quitarle a los Farnesio el Ducado de Castro.

La guerra fue reanudada en 1649 por el sucesor Inocencio X; durante ese año las fuerzas papales asediaron la ciudad de Castro.

Por lo tanto, un ejército reducido a los términos mínimos no pudo defender adecuadamente al papa cuando el estado pontificio fue invadido por la Francia del Directorio.

El Papa Pio VI se refugio primero en Siena y luego en un monasterio cartujo de Florencia.

El cuerpo, creado por Paulo IV en 1555 para defender a la persona del pontífice, estaba formado por cien miembros, elegidos entre la nobleza y los ciudadanos.

Según los tratados internacionales, Austria se convirtió en el poder hegemónico en Italia, asumiendo también la obligación de protección del orden en toda la península.

En 1848, el ejército fue empleado en la movilización hacia las fronteras del Reino Lombardo-Veneto, es decir, en contra de las posesiones austriacas en Italia.

Durando fue seguido, dos días después, por un cuerpo mixto de guardias civiles y voluntarios, incluido el Batallón Universitario Romano, confiado a Andrea Ferrari.

Con el establecimiento de la República Romana (1849), las tropas pasaron al servicio del nuevo Estado.

Después de la restauración del poder pontificio (julio 1849), el ejército papal fue disuelto formalmente.

En el verano del mismo año Francia decidió mantener su propia guarnición para la defensa de Roma.

A principios de los años cincuenta, el ejército se reconstituyó con suficiente personal para mantener el orden público.

[9]​ A inicio de 1859, el papa había decidido que el estado debería proveerse para su defensa.

La Santa Sede recompensó simbólicamente a aquellos que participaron en la infortunada batalla con un honor, la Medalla de Castelfidardo.

El ministro de Mérode nombró dos nuevos comandantes generales: el alemán Hermann Kanzler y el romañolo Giovanni Battista Zappi.

Los voluntarios acudieron a Roma con sus familias, quienes les proporcionaron caballos y dinero para armamento.

[11]​ En septiembre del mismo año comenzó la repatriación de las tropas francesas estacionadas en Lacio.

[12]​ En 1867, el ejército pontificio contaba con 13 000 hombres (con doce cañones y novecientos caballos), para defender el Lacio, bajo el mando del general de Courten.

[13]​ La tropa en armas, que ascendió a diez mil hombres, se desplegó en cuatro áreas: Viterbo, Civitavecchia, Tivoli y Velletri-Frosinone.

Solo cuatro cuerpos permanecieron operativos: la Guardia Suiza, la Guardia Palatina, la Guardia Noble y un pequeño departamento de la Gendarmería Pontificia, que se quedó para proteger el Palacio Apostólico en la Ciudad Leonina, la última franja de Roma no ocupada por soldados italianos, adicionalmente aproximadamente doscientos soldados veteranos permanecieron en el Castillo Sant' Angello hasta que este último fuerte fue traspasado a las tropas italianas.

[22]​ Las tropas restantes, después del honor de armas otorgado por los soldados ganadores, fueron desarmadas y conducidas a Civitavecchia.

Para los demás, como ya había ocurrido en 1860, estuvo reservado un tratamiento muy estricto: 4800 soldados fueron conducidos a marchas forzadas hacia algunas fortalezas del norte de la península.

[24]​ La "Legión de Antibes", compuesta por voluntarios franceses, sobrevivió a la desintegración del ejército papal.

Luchó en la guerra en curso contra Prusia con el nombre de "Legión voluntarios del Oeste".