[2] Posteriormente también representó al Ministerio Público en los Departamentos de La Libertad, Moquegua y Lima.
Más tarde pidió la prisión preventiva para 11 personas vinculadas al Comité Ejecutivo Nacional del Partido Fuerza Popular, la líder del Partido, Keiko Fujimori; sus asesores políticos, Ana Hertz, Pier Figari; su secretaria personal, Carmela Paucara; los Tesoreros de su partido, Adriana Tarazana y Luis Mejia Lecca; el exoperador político de Vladimiro Montesinos, Vicente Silva Checa; además de los exministros del régimen de su padre, Jaime Yoshiyama y Augusto Bedoya, entre otras personas del entorno de Keiko Fujimori y su esposo, Mark Vito, como los empresarios, Jorge Yoshiyama y Giancarlo Bertini Vivanco.
Allano el estudio de abogados, "Ore Guardia" ligado al Partido, Fuerza Popular por el delito de obstrucción a la justicia, tras ello, pidió la comparecencia con restricciones para seis abogados vinculados a Fuerza Popular, entre ellas, Giuliana Loza, abogada de Fujimori y su esposo.
Tras descubrirse esto, el Poder Judicial prohibió su salida del país por 9 meses tras haber incurrido en los delitos de encubrimiento real e invadir una propiedad lacrada por la justicia.
Debido a un interrogatorio fiscal en el marco de las campañas electorales del Año 2006 y 2011, envió un oficio al Fiscal Superior, Rafael Vela para que se abriera una investigación a la excongresista, Lourdes Flores, por el delito de Lavado de Activos relacionado con aportes de la empresa Odebrecht, dicha petición fue aceptada y quien realizara la investigación será su colega, el fiscal del equipo especial, Carlos Puma.
Sin embargo, el expresidente de la República decidió tomar una fatal decisión y en medio del allanamiento en su vivienda, él se dirige a su habitación y se dispara en la cabeza con un arma de fuego luego es trasladado al hospital Casimiro Ulloa.
El exgobernante Peruano, Alan García muere a las 10:15 tras sufrir tres paro cardiorrespiratorios.
El 28 de abril, ordenó la prisión preventiva de los 8 funcionarios del Segundo Gobierno del Fallecido Expresidente, Alan García, entre ellos estaban los exministros, Enrique Cornejo y Luis Nava Guibert.
Al exministro, Luis Nava Guibert se le impuso prisión preventiva.
Más tarde, el Fiscal pidió la incautación de dos celulares del Fallecido Líder Aprista.
Tres días después de la disolución del Parlamento, viajó a Sao Paulo para interrogar al exejecutivo, Jorge Barata, por los 71 codinomes que aparecieron en la planilla de operaciones estructuradas, solo pudo identificar algunos, entre ellos, se encontraban, algunos ex congresistas como Javier Velásquez Quesquén y Yehude Simon Munaro (Sipan); el exministro de Justicia, Aurelio Pastor (Pastor Alemán), los exalcaldes capitalinos; Luis Castañeda Lossio y Susana Villarán con la excongresista, Lourdes Flores (Camphana Regional); el expresidente, Alejandro Toledo (Oriente), etcétera.
Ese mismo mes, interrogó a 15 empresarios, pertenecientes a la clase empresarial del Perú, por aportes irregulares al Partido Naranja, ejecutivos como Dionisio Romero (Credicorp) y Vito Rodríguez (Gloria) quienes aportaron al Partido de Keiko Fujimori en el 2011 y en el 2016.
Incluso pidió la incorporación de Fuerza Popular a la presente investigación para futuras sanciones como su disolución, petición que fue aceptada.
Y el otro allanamiento se realizó a las instalaciones principales de la Confiep en San Isidro.
El 24 de enero de 2020, logró que el Poder Judicial ordene la detención del ex primer ministro y excongresista, Yehude Simon por 10 días, esto debido al Caso del Proyecto Olmos.
José Domingo Pérez asumió la investigación relacionada con la exalcaldesa Susana Villaran, y a sus funcionarios municipales, también asumió la investigación de allegados a la entonces alcaldesa, como los exministros, Jorge Nieto Montesinos, Anel Towsend y la ex congresista, Marisa Glave.
En diciembre del 2020, amplio la investigación contra Keiko Fujimori, y otras personas de su entorno, atribuyendo responsabilidad penal para el banquero, Dionisio Romero Paoletti, que reveló haberle dado millonarias cantidades de dinero a la excandidata presidencial para su campaña electoral del 2011 y del 2016.
En 2024, Pérez volvió al caso Alan García para extraer información de los celulares del difundo expresidente.
[21][22] En 2018, el fiscal José Domingo Pérez generó controversia al referirse a la lucha del Estado contra los grupos terroristas como una «guerra civil».
Sus declaraciones, formuladas en el marco de un evento público desde México, motivaron que congresistas como Jorge del Castillo y Carlos Tubino presentaran una denuncia ante la Comisión de Defensa del Congreso por supuesta apología al terrorismo.
[26] El caso fue reabierto un año después,[27] con el fiscal reiterando su posición y aclarando que sus palabras no buscaban menospreciar la memoria del conflicto interno ni a las víctimas del terrorismo.
Gino Costa, legislador no agrupado, sostuvo que el fiscal empleó indebidamente las expresiones para «referirse al terrorismo».
Sin embargo, también observó que Fuerza Popular junto al APRA buscaron exagerar la situación «para distraerlo de sus tareas [de fiscal] y traer [a la fuerza] al Congreso».