En agosto del 2000, Bedoya fue designado como ministro de Transportes, Comunicaciones, Vivienda y Construcción por el expresidente Alberto Fujimori en su tercer mandato.

Permaneció en el cargo hasta el fin del gobierno, en noviembre del mismo año luego de varios escándalos de corrupción que generaron crisis política.

[1]​ Se afilió al partido Fuerza Popular liderado por Keiko Fujimori y fue secretario de economía del partido de 2010 a 2014.

Se ha desempeñado como miembro del directorio de distintas empresas, entre ellas Grupo Apoyo, Minera San Ignacio de Morococha, Naviera Humboldt, Servicios Técnicos Marítimos, Servicios de Corretaje Marítimo, Inmobiliaria Salcantay, Inmobiliaria Misti y Serpac International.

En octubre, se le dictó una orden de detención preliminar junto con otros dirigentes del partido; la fiscalía pidió 36 meses de prisión preventiva pero el Poder Judicial le dicto impedimento de salida del país junto con comparecencia restringida.