En 2001 fundó el Partido Humanista Peruano, organización que preside actualmente.
Resultó luego elegido como diputado, con 28,676 votos, para el periodo parlamentario 1985-1990.
[2] Durante su labor como diputado, integró las Comisiones de Justicia y Derechos Humanos.
Ante la convocatoria de las elecciones regionales del 2002, Simon anunció su candidatura al Gobierno Regional de Lambayeque por la coalición Unión por el Perú - Frente Amplio y compitió con Humberto Falla Lamadrid del Partido Aprista Peruano, partido político popular en la costa norte del país.
[8] Durante sus 3 años de gobierno, realizó obras centradas principalmente en el sector rural, entre las cuales la más notoria es la licitación para la construcción del Proyecto Olmos.
La fórmula presidencial fue encabezada por Susana Villarán y participó sin éxito en las elecciones generales del 2006.
[15][16] En junio del 2009, tras desatarse un conflicto interno conocido como Baguazo, Simon fue interpelado por el Congreso y dos semanas después, Simon renunció al Premierato y Alan García anunció el cambio de gabinete.
[28][29][30] En las elecciones generales del 2016, Simon anunció su candidatura presidencial por el Partido Humanista Peruano y en diciembre del 2015, presentó su plancha presidencial conformada por la excongresista Rosa Mavila como candidata a la primera vicepresidencia y a la empresaria Yorka Gamarra para la segunda.
[34] Su última participación en la política fue en las elecciones regionales del 2018, donde postuló nuevamente al Gobierno Regional de Lambayeque como miembro de Juntos por el Perú, sin embargo no resultó elegido.
[38] Durante los años que estuvo recluido en prisión, Yehude Simon realizó algunas obras literarias.