A fines del período parlamentario, la mayoría de sus integrantes habían abandonado la agrupación como Rigoberto Ezquerra, Miguel Ciccia Vásquez y Francisco Pardo Mesones quienes se habrían pasado a las filas del gobierno fujimorista.

Alcaldes Provinciales electos por UPP Para las tan controvertidas elecciones generales de 2000, UPP decidió presentar como candidato presidencial al ex-congresista Máximo San Román quien ya había abandonado el Movimiento OBRAS del ex-alcalde Ricardo Belmont.

[6]​ Durante este periodo parlamentario, hizo alianza con los 3 legisladores de Acción Popular para formar una bancada y fueron opositores al régimen fujimorista.

Formó alianza con el Movimiento por la Democracia y el Movimiento Social Demócrata donde luego se lanzaron con el nombre de Agrupación Independiente Unión por el Perú - Social Democracia y el cabecera de la lista por Lima fue el periodista Francisco Miró-Quesada Rada.

[7]​ UPP decidió formar la bancada Unión Parlamentaria Descentralista junto a los miembros de Acción Popular y Somos Perú, la bancada luego tuvo más adhesiones de algunos parlamentarios que habían renunciado a sus grupos electos.

En el año 2005, siendo secretario general del partido José Vega, UPP decidió formar una alianza política con el recién formado Partido Nacionalista Peruano de Ollanta Humala, el cual aún no contaba con inscripción vigente ante el Jurado Nacional de Elecciones.

Con la candidatura del nacionalista Humala, UPP en poco tiempo se ubicó a la cabeza de las preferencias electorales.

Sin embargo, poco después de instalado el nuevo Congreso, este grupo parlamentario se fraccionó por discrepancias en UPP y PNP, con lo que así el Partido Aprista Peruano tenía la primera mayoría.

Ambos grupos parlamentarios continuaron fraccionándose, quedando finalmente UPP reducido a solamente 7 congresistas como Karina Beteta, Carlos Cánepa, Alberto Escudero, Eduardo Espinoza Ramos, Aldo Estrada, Isaac Serna y José Vega.

Después de su éxito al obtener escaños en el congreso en las elecciones del mismo año, el partido participa en las elecciones regionales y municipales de 2006, el partido obtiene 1 gobierno Regional electo, siendo el departamento del Cuzco, a su vez obtiene 14 alcaldías provinciales y 122 alcaldías distritales.

A un año de las elecciones generales de 2011, el partido decide participar en las elecciones regionales y municipales del 2010, el partido obtiene 1 alcaldía provincial y 12 alcaldías distritales, sin embargo, ningún gobierno regional fue electo.

En estas elecciones, el partido hace alianza nuevamente con Solidaridad Nacional para las elecciones generales de 2016, en estas elecciones, con la Alianza Solidaridad Nacional (sin los partidos Cambio 90, Todos por el Perú y Siempre Unidos), presentó la candidatura del empresario Hernando Guerra García acompañando la plancha presidencial los congresistas José Luna Gálvez, como candidato a la primera Vicepresidencia y Gustavo Rondón a la 2.ª Vicepresidencia.