Estos misioneros se caracterizaron por su compromiso social con los indígenas, convenciéndose de la misión de salvar sus almas por el desconocimiento que estos tenían del cristianismo, a través de familiarizarse con estos y sus costumbres e historias, para que así sea más fácil que se familiaricen con el Catolicismo y se integren a la cultura y economía hispánica.
[1] Fue así que los jesuitas empezaron una labor civilizatoria y humanista, según los criterios del comunitarismo católico e indígena, con un compromiso en el respeto de las estructuras básicas de los pueblos indígenas según su Derecho consuetudinario, como previamente habían hecho los mismos Incas.
Fue así que los jesuitas hicieron los esfuerzos más grandes por vincular el pasado incaico con el orden virreinal, desarrollando varios mecanismos (como la Historiografía, la propaganda en las Artes o servir a los indios en las Misiones jesuíticas) en el que se legitimaba la conquista y así lograr convencer a los indígenas de que existía una continuidad histórica entre lo antiguo y lo presente, no una imposición.
Sus misiones y obras apostólicas son financiadas con la producción de las haciendas que la Compañía tuvo en la costa peruana.
[4] La Compañía es autorizada a volver al Perú en 1871, debiendo empezar de nuevo toda su obra evangelizadora.
La misión peruana recién será erigida como provincia jesuítica independiente en 1968 (cuando se cumplían 400 años de la llegada de los jesuitas al Perú), por decisión del P. General Pedro Arrupe.
La historia de la nueva provincia puede ser narrada en seis etapas: La intención de los primeros jesuitas que regresaron al Perú no era quedarse en Lima, sino ir a Huánuco, cuyo obispo les había hecho venir del Ecuador y España.
Luego recibieron la Iglesia de San Pedro (Lima) y desde allí dieron el salto a Arequipa para fundar el Colegio San José (Arequipa) y encargarse del Templo de La Compañía.
Algunos jesuitas ya iban yendo por Maynas, cuando a inicios de 1946, el Papa encargó a la Compañía la atención del Vicariato de San Francisco Javier del Marañón.
Brindaba apoyo espiritual y una educación que promoviera cómo contribuir al país.
Y el fundar la Universidad del Pacífico (Perú) u orientar la Pontificia Universidad Católica del Perú (Felipe Mac Gregor fue pionero) quiso ser un aporte a la profesionalidad de país.
El país entró en procesos críticos que ponían en riesgo todo intento de avanzar.
Aparecieron nuevas obras para formar personas que asuman la marcha del país, tales como la hoy Universidad Antonio Ruiz de Montoya o el Centro de Espiritualidad y Centros Loyola, que surgieron luego, con la espiritualidad ignaciana como pedagogía de la libertad y para discernir las decisiones.