En la sacristía está la capilla de San Ignacio, con murales polícromos que muestran la flora y la fauna tropicales.

Estuvo bajo la dirección del hermano Felipe y fue terminada de construir en 1698-99.

Se distingue por tratar el relieve en superficie y no en profundidad.

Aunque pertenezca a la segunda mitad del siglo XVII su influencia se extiende a lo largo del siglo XVIII, no solo en entorno arequipeño, sino también tiene influencia en el territorio peruano, la novedad que se inicia con esta decoración planiforme es la de utilizar elementos autóctonos americanos, plantas, animales y asuntos resucitados de la mitología prehispánica mezclados con motivos europeos, que tapizan la fachada con verdadero horror al vacío.

En su interior cabe destacar el altar mayor, uno de los más bellos de Arequipa, que ostenta en la parte central una de las mejores pinturas, La Virgen con el niño, del pintor italiano Bernardo Bitti, que llegó al Perú en 1575.