En 1951 regresó a Lima para continuar su trabajo pastoral, se desempeñó como profesor en el Colegio de la Inmaculada.
Desde este cargo editó la revista “Avanzada”, una publicación misionera infantil y juvenil de un éxito sin precedentes.
Francesco Nardone, años después esta importante obra social de la Iglesia pasaría a ser administrada por la Conferencia Episcopal Peruana.
En 1968 fue nombrado delegado para la Conferencia del Episcopado Latinoamericano en Medellín, donde presidió la importante Comisión sobre Pobreza.
En 1988 fue elegido Presidente de la Conferencia Episcopal Peruana, ocupó el cargo hasta el año 1991, años en que trabajó con especial solicitud solidaria por los más afectados por la crisis económica que afecto al país en la década de 1990.
Su Santidad Juan Pablo II aceptó su renuncia al cargo de Obispo del Callao en 1995, cuando tenía 78 años, tres años después de la edad establecida por el Derecho Canónico, y es nombrado ese año Arzobispo-Obispo Emérito del Callao .
Fue inicialmente velado en la Parroquia Nuestra Señora de Fátima en Miraflores, donde residió sus últimos años de vida, luego sus restos mortales fueron recibidos solemnemente por el Obispo del Callao Mons.