Valera era un caso especial en aquellos tiempos: era un mestizo bilingüe y letrado de primera generación.

Por otra parte, existen evidencias de que Valera fue acusado de "herejía" al incluir ciertos comentarios favorables al incanato y que, consecuentemente, fue encerrado por los mismos jesuitas por un período breve.

Hacia 1590, viajó a Europa para preparar la impresión de sus obras.

Por la década de 1990 la historiadora italiana Laura Laurencich Minelli[2]​ presentó unos manuscritos (llamados los documentos Miccinelli, la dueña de los libros antiguos), donde se afirma que Blas Valera vivió años después de 1597 y que regresó a América donde compuso la célebre Nueva crónica y buen gobierno atribuida hasta entonces al cronista indígena Felipe Guaman Poma de Ayala.

[3]​ Sin embargo, el mundo académico peruano ha rechazado tales documentos como fraudes, tal como lo han afirmado Alfredo Alberdi Vallejo en su obra sobre el cronista quechua (Berlín, 2010), así como Rolena Adorno y Juan Carlos Estenssoro (París, 1997).