[4] El calendario indicaba que el debut de Jaguares sería en casa, recibiendo a Tigres de la UANL, pero la remodelación y ampliación del Estadio Víctor Manuel Reyna, aún no había concluido; al final se determinó que el Estadio Azul albergaría el encuentro.Salvador Capitano, primer entrenador del club chiapaneco, mandó a la cancha a: Adrián Zermeño, Omar Monjaraz, Pedro "Cabo" Sarabia, Miguel "Jalisco" Gutiérrez, Ricardo Cadena, Joaquín Hernández, Joaquín "Jaibo" del Olmo, Carlos Sánchez Laureano, Jesús Córdoba, Gustavo "Gusano" Nápoles y Julio César Yegros.Tras un empate ante Tuzos del Pachuca en el Estadio Hidalgo, llegaría la Jornada 3 y el Estadio Zoque acogería por primera ocasión un partido del Máximo Circuito; el 17 de agosto a las 15:30 h (tiempo local), Jaguares recibió al Club Deportivo Guadalajara; el marcador finalizó 1-1, Omar Bravo adelantó a las Chivas Rayadas, en tanto que Felipe Ayala, anotó el gol del empate al minuto 62.En la Jornada 12, Jaguares visitó a Toluca y se fue adelante en el marcador con tanto de Joaquín "Jaibo" del Olmo, gol que significó el número 50 mil en la historia de los campeonatos mexicanos; al final, los Diablos Rojos ganaron 5-1.Los resultados no fueron los mejores y tras perder un duelo vital contra Colibríes en el Estadio Zoque (0-1), Jaguares tenía la necesidad de sumar los últimos 6 puntos en disputa para salvarse y además, que los de Morelos no sumaran más.[8] Omar "Gato" Ortiz, Francisco Muñoz Barba, Sergio Almaguer, Luis Romero, Francisco "Burra" Ramírez, Salvador Vaca, Jorge Manrique, Néstor Gutiérrez, José de Jesús "Chuy" Gutiérrez, David "Popeye" Oliva, Joel "Huevo" Soto, Fernando Martell y Salvador Cabañas, se sumaron al equipo.Para el siguiente torneo, al equipo llegaron: Adrián García Arias, Omar Rodríguez, Heriberto Morales, Irving Rubirosa, Everaldo Barbosa, Luis Hernández y Sebastiao Pereira "Didí".El cuadro chiapaneco fue líder del grupo B al sumar 6 puntos y disputó la final ante las Chivas Rayadas del Guadalajara; en tiempo regular el partido finalizó 1-1, pero en tanda de penales Chivas ganó 5-3 y se clasificó como México 3 a la Libertadores.[11] Al finalizar el Apertura 2005, Jaguares fue tercero del grupo y se ubicó en el puesto 8 de la tabla general, sumando 23 puntos, producto de 5 victorias, 8 empates y 4 derrotas, pero no accedió a la liguilla ya que le descontaron 3 puntos (porque el equipo no cumplió con los minutos requeridos por la regla 20/11).[13] En el Apertura 2006, Jaguares culminó en la posición 10 de la tabla general, sumando 23 puntos, producto de 6 victorias, 5 empates y 6 derrotas, disputando el repechaje ante Toluca; en el global, los Diablos Rojos vencieron 2-1 a los Naranjas (Estadio Zoque 1-1 y Estadio Nemesio Díez 1-0).Chiapas ganó 1-0 con anotación de Gilberto Mora; al final, Bravo se quedó con el galardón.Junto al argentino llegaron Carlos Vicente Squeo, Marco Antonio "Chima" Ruiz –auxiliares–, Rubén López –preparador físico– y Alan Cruz –entrenador de porteros–.[15] Jaguares finalizó el torneo en la posición 12 de la tabla general, pero por bondades del certamen, accedió a los 4tos.Después de dirigir las primeras 5 Jornadas del Bicentenario 2010 y conseguir solo 2 puntos, el "Flaco" Tena fue cesado.En la Copa Libertadores 2011, al ser México 3, el andar de Jaguares inició en la primera fase (repechaje).El 26 de enero a las 21:15 h (tiempo local), Jaguares debutó enfrentando a Alianza Lima de Perú, en el Estadio Alejandro Villanueva; el "Profe" Cruz alineó a: Gerardo Ruiz, Omar Flores, Miguel Martínez, Óscar Razo, Christian "Recodo" Valdez, Jorge "Burrito" Hernández, Guillermo Rojas, Luis Esqueda, Jorge "Japo" Rodríguez, Damián "Piojo" Manso y Jackson "Cha cha chá" Martínez.Antonio Pedroza (3 goles), Antonio "Hulk" Salazar (3), Jackson Martínez (3), Jorge "Japo" Rodríguez, Édgar Andrade, Miguel Martínez, Luis Esqueda, Francisco "Pacorro" Torres y Julio "Maleno" Frías, anotaron en el certamen sudamericano.En el Clausura 2011, Jaguares terminó en el último lugar de la tabla general con 14 puntos –primera vez del club–, sumando 15 goles a favor por 30 anotaciones en contra, lo que valió ser la segunda peor ofensiva y la tercera peor defensiva, algo que contrastó con lo acontecido en el semestre anterior, cuando el equipo fue la segunda mejor defensiva del torneo.[22] En el Clausura 2012, Jaguares finalizó en el lugar 8 de la tabla general, sumando 27 puntos, producto de 8 victorias, 3 empates y 6 derrotas, teniendo en los colombianos Luis Gabriel Rey (8 goles) y Jackson Martínez (7 goles), a sus mejores anotadores.Al terminar el Clausura 2013, Jaguares se ubicó en el lugar 14 de la tabla general, sumando 17 puntos, producto de 4 victorias, 5 empates y 8 derrotas, teniendo en Luis Gabriel Rey, a su mejor anotador (9 goles); en la Copa Mx, fue líder del Grupo 5 al sumar 15 puntos, pero en 4tos.[27] Después del anuncio, se mencionó que el nombre de la nueva franquicia sería Chiapas Fútbol Club.En el Clausura 2017, un equipo habría de perder la categoría, así que Morelia, Veracruz y Chiapas FC, pelearían por su permanencia en la Primera División.[32] [33] Jaguares terminó el torneo en el lugar 16 –de 18 equipos– de la tabla general, sumando 19 puntos (5 victorias, 4 empates y 8 derrotas).[44] El Estadio Víctor Manuel Reyna se ubica en la zona norte oriente de Tuxtla Gutiérrez.Alan Cruz, Adrián Zermeño, Wilmer Alexander Ortegón, Pedro Sarabia, Miguel Alejandro Gutiérrez, Ricardo Cadena, Edoardo Isella, Omar Monjaraz, Máximo Lucas, Víctor Saavedra, José Agustín Morales, Jesús Eduardo Córdova, Joaquín Del Olmo, Felipe de Jesús Ayala, Franz Torres, Carlos Sánchez Laureano, Gilberto Mora Olayo, Gustavo Nápoles, Martín Calderón, Omar Gómez, Miguel Ángel Casanova, Alejandro Glaría, Julio César Yegros y Lucio Filomeno.Alan Cruz, Adrián Zermeño, Humberto Martínez, Pedro Sarabia, Miguel Alejandro Gutiérrez, Ricardo Cadena, Jesús López Meneses, Edoardo Isella, Omar Monjaraz, Carlos Gallegos, Rubén García, José Agustín Morales, David Rangel, Felipe de Jesús Ayala, Franz Torres, Carlos Sánchez Laureano, Gilberto Mora Olayo, José Damasceno "Tiba", Luciano De Bruno, Gustavo Nápoles, Guillermo "Pando" Ramírez, Martín Calderón, Miguel Ángel Casanova, Rafael Márquez Lugo, Silvio "Cuchillo" Fernández y Lucio Filomeno.Moisés Muñoz, Jorge Villalpando, Leonardo Burián, Federico Crivelli, Bruno Pires, Félix Araujo, Juan Patiño, Aquivaldo Mosquera, Luis Venegas, Franco Valentín Flores, Guillermo Rodríguez, William Paredes, Brayan Angulo, Hibert Alberto Ruiz, Diego de la Torre, Christian Bermúdez, Lucas Silva, Luis Miño, Marcelo Estigarribia, Jonathan Fabbro, Diéter Villalpando, Félix Micolta, Luis Ángel Mendoza, Alonso Escoboza, Julio Nava, Adrián Marín Lugo, Enrique Esqueda, Mateus Gonçalves Martins, Vanderley Dias Marinho, Franco Arizala y Luis Leal.Jaguares B, permaneció en la Liga de Ascenso, del Apertura 2007 al Clausura 2009, jugó la primera Temporada en Tapachula y la segunda, en Tuxtla Gutiérrez.Al finalizar el Clausura 2009, Jaguares B ocupó el último sitio de la tabla porcentual.Jugadores destacados Francisco Muñoz Barba, Darío Sala, Humberto Martínez, Felipe "Halconcito" Peña, Miguel "Jalisco" Gutiérrez, Jesús Eduardo Córdova, Edoardo Isella, José Damasceno "Tiba", Lucas Ayala, Néstor Gutiérrez, José de Jesús "Chuy" Gutiérrez, Gilberto Mora, César Gradito, Esteve Padilla, Antonio Barbosa "Juninho", Rafael Márquez Lugo, Alejandro Glaria, David "Popeye" Oliva, Guillermo "Pando" Ramírez, César Alexenicer "Tucu", Antonio Pedroza, Miguel Ángel Casanova y Alejandro Nava.