[15]​ Sin embargo, la institución mantuvo su equipo "B" el cual compite en la Segunda División, y tenía su sede en Tapachula.

Mientras que el equipo de Tercera División también fue llevado a Cancún.

Vivió dos etapas, pues en la primera solo duraron un año ya que descenderían a la Segunda División de México.

Pero en 2007 el equipo regresaría a la ciudad solo para estar dos años más pues se culminaría un nuevo descenso.

El estadio se consideró un elefante blanco ya que no había utilización de ningún tipo y hasta servía como nido de delincuencia,[18]​ hasta que llegaron los Ocelotes UNACH a la plaza.

Fue entonces que el gobierno se vio obligado a invertir en su mantenimiento.

Alejandro Cervantes Plantilla en la web oficial Franquicia Estudiantes Altamira * 'Máxima goleada a favor:' Cafetaleros de Chiapas vs Monarcas Morelia 4 - 1 (Copa Mx 19 - 20) Octavos de final Ismael Valadéz (Clausura 2016 , 10 goles).

En 2020 este equipo se convirtió en el cuadro principal de la institución debido a que la escuadra de Ascenso MX se convirtió en Cancún Fútbol Club.

Desde su creación, Cafetaleros mantuvo un cuadro en Tercera División con sede en Tapachula, hasta 2019, cuando este equipo se trasladó a Motozintla.