[7]​ Después de la llegada a la Liga Premier el club consiguió establecer una segunda escuadra en la Tercera División, esto tras llegar a un acuerdo con el Club Fundadores El Marqués, por lo que la nueva escuadra pasó a ser conocida bajo el nombre Inter Fundadores, aunque manteniendo el registro original al igual que los otros dos equipos integrantes de la organización.

[8]​ Este equipo permaneció como parte del Inter de Querétaro hasta 2022, cuando se volvió a convertir en una escuadra independiente.

[9]​ Posteriormente la organización consiguió establecer su tercer escuadra en la Liga TDP, la cual pasó a ser conocida como Inter Aicesa SJR, teniendo su sede en San Juan del Río, aunque siendo registrada oficialmente bajo el nombre Querétaro 3D ya que la directiva del club compró esa franquicia para su uso en la Tercera División, sin embargo, al finalizar 2021 el equipo pasa a llamarse Inter San Pablo y es llevado a la Ciudad de Querétaro debido a desacuerdos entre la directiva del club y los jugadores de la plantilla formada en San Juan.

En el mismo año el club expandió sus operaciones al vecino estado de Guanajuato al crear otro equipo, denominado Inter Guanajuato, con sede en la capital de esa entidad federativa.

[12]​ Aquivaldo Mosquera Ángel Romualdo Arias Ramiro Hernández Juan Morales