El fútbol masculino fue su disciplina más destacada, que se desempeñó en la Segunda División Mexicana.

La historia del Club Atlético Pachuca Juniors transcurrió desde 2000 siendo el fútbol desde los comienzos la esencia del club, aunque posteriormente la franquicia fue vendida a Jaguares de Chiapas para que contará con una filial en la división de ascenso, debido a que el Pachuca Club de Fútbol ya contaba con una filial en ese entonces en la Primera división 'A' mexicana, que eran los Indios de Ciudad Juárez, aun con su desaparición le valió su reconocimiento a nivel nacional.

La franquicia fue vendida y trasladada a Ciudad Juárez y cambió su nombre a Club de Fútbol Indios un 8 de abril del 2005, cuando un grupo empresarios liderados por el Ing.

Por este hecho, el equipo volvería a disputar el torneo de Segunda División Mexicana una vez más como Club Atlético Pachuca Juniors aun así lograrían su último el título en el Apertura 2007.

Al ganar el ascenso una vez más serían vendidos, se pensaba que sería al gobierno de Yucatán,[1]​ pero al final fueron trasladados a Tapachula, convirtiéndose en Jaguares de Tapachula, para ser filial del Club Jaguares.