Para este torneo el lugar dejado por el Necaxa al descender a la Liga de Ascenso, fue ocupado por el equipo Querétaro.

La competencia del Torneo Apertura 2009 se desarrolla en dos fases: En la fase de calificación participan los 18 clubes de la primera división profesional jugando todos contra todos durante las 17 jornadas respectivas, a un solo partido.

Si al finalizar las 17 jornadas del torneo, dos o más clubes estuviesen empatados en puntos, su posición en la Tabla General será determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate: Participan por el título de Campeón de la Primera División Profesional en el Torneo Apertura 2009, automáticamente los clubes que hayan obtenido el primero y segundo lugar de su respectivo grupo, así como los dos Clubes mejor clasificados al término de la jornada 17 en la Tabla General, excluyendo a los seis clubes ya clasificados como primero y segundo lugar de su grupo.

Los ocho clubes calificados para la fase final del torneo serán reubicados de acuerdo con el lugar que ocupen en la Tabla General al término de la jornada 17, correspondiéndole el puesto número uno al club mejor clasificado, y así sucesivamente hasta el número ocho.

El Club vencedor de la Final y por lo tanto Campeón, será aquel que en los dos partidos anote el mayor número de goles que su contrario, criterio conocido como marcador global.