En la Temporada 2003-2004, encontró regularidad con Querétaro FC y en el verano del 2004, fue contratado por Jaguares de Chiapas.

Debido a malos resultados, Ochoa fue enviado al Tapatío –filial en Segunda División–.

Cuando Paco Ramírez tomó las riendas de las Chivas, Ochoa fue reintegrado al primer equipo.

Carlos Ochoa se convirtió en el segundo máximo goleador en la historia de los Naranjas, al realizar 40 tantos en tres etapas.

La siguiente tabla detalla los encuentros disputados y los goles marcados en los clubes en los que ha militado.