El Deportivo Malacateco fue fundado por: Humberto Darío Bermúdez Cisneros, José María Munguía Gálvez, Felipe Sánchez Rivadeneira y Vicente López.

El 19 de diciembre de 1964, ascendió el Deportivo a la Liga Mayor "B" (Segunda División) del fútbol nacional, durante doce años consecutivos, el equipo militó en la Liga Mayor "B".

Asciende de nuevo y en 1978 Sanarate FC lo desciende.

Este escudo fue creado por el jugador Bainer Barrios, después que el club hiciera una convocatoria para diseñar el nuevo logo a inicios de la temporada 2020-21.

[3]​ Es el recinto oficial del equipo, se encuentra ubicado en el municipio de Malacatán en San Marcos, tiene una capacidad para 8000 espectadores y también cuenta con gramilla sintética y alumbrado eléctrico.