El equipo fue fundado en el año 2014 adquiriendo la franquicia del CF Mérida, en esa temporada el equipo utilizó el registro del Mérida de Tercera División para poder competir en dicha categoría, en 2015 se hace oficial ante la Federación Mexicana del Fútbol el nombre de Deportiva Venados.
sin embargo, en cuartos de final el equipo fue derrotado por el Córdoba Fútbol Club.
En el Apertura 2022 el equipo debutó en la Serie A de México, tercera categoría del fútbol mexicano, en su primer partido Deportiva Venados derrotó al Yalmakan Fútbol Club por 0-1.
El club finalizó su primer torneo en la división ocupando la sexta posición del Grupo 3 con 15 puntos conseguidos con cinco victorias y cinco derrotas, por lo que quedó fuera de la liguilla.
Alfredo García Leonardo Zihel Erik Luna Francisco Salazar Plantilla en la web oficial 1: Torneo suspendido por pandemia de COVID-19, sin embargo la liga consideró los registros como oficiales y quedaron guardados en las estadísticas.