Roberto Hernández Ayala debutó como profesional en 1990 con el Santos Laguna donde no tuvo continuidad y fue transferido al Monterrey, donde estuvo dos años.

Tras dos temporadas con los rayados fue traspasado al Atlético Morelia donde fue un jugador regular dentro del club, permaneció por cuatro torneos para retornar brevemente a rayados y para después pasar de nuevo en Monarcas, donde se retiró en 2002.

Inició su trayectoria como entrenador como Auxiliar técnico en Monarcas durante 2002. también dirigió a Monarcas Morelia A durante 2006-2007, también dirigió en corto Periodo a Mérida, durante 2006. en 2008 volvió como Auxiliar en Monarcas, en 2008.

De nueva cuenta tomó las riendas del equipo, ante la destitución de Alfredo Tena, por lo que resta del Torneo Clausura 2015.

Poco después fue ascendido a Presidente Deportivo de club, puesto que había dejado Mario Trejo.