Las primeras menciones de hospitales en Estella se remontan a la Edad Media, donde se atendían a pobres, ancianos, viudas, niños expósitos, peregrinos enfermos y otros desamparados.
En 1789 se estableció una Junta para el mejor gobierno del hospital.
El hospital abre sus puertas en enero de 1977,[9]aunque no se inauguraría oficialmente hasta 1979.
La gestión del hospital se encomienda al ayuntamiento de Estella.
Se llega a él con las líneas de autobús comarcal 1 (Hospital - Villatuerta - Oteiza) y 2 (Abárzuza - Hospital - Villamayor de Monjardín o Arróniz)