El nombre más antiguo con el que se menciona esta localidad (1269) es Aguilar de iuso Maraynon (Aguilar de bajo Marañón), haciendo referencia probablemente a la vecina localidad de Marañón situada en el llano.

En 1273 se la menciona como Aguilar a secas y en 1366 aparece con la variante de Aguillar.

El nombre en lengua vasca del municipio es según la Real Academia de la Lengua Vasca Aguilar Kodes,[2]​ que carece de carácter oficial.

Esta meseta se halla en lo más alto del valle de Aguilar y desde ella Aguilar de Codés domina todas las localidades vecinas.

Entre Aguilar de Codés y Santa Cruz de Campezo encontramos el "Yoar", nombre por el que se conoce a la gran peña que separa estos dos pueblos.