Como suele ser habitual en este tipo de relatos, al cabo del tiempo se perdió el recuerdo del emplazamiento de la imagen y de las reliquias, hasta que, siete siglos más tarde, un pastor las descubrió en una ermita que estaba prácticamente cubierta por espinos y dio cuenta del prodigioso hallazgo.

[3]​ El temido «Juan Lobo», finalmente, fue capturado y ajusticiado por las gentes de Torralba del Río.

Los vecinos lo persiguen por todo el término hasta que finalmente lo apresan y, tras juzgarlo, lo ejecutan en la plaza del pueblo.

El Ramillete será decisivo para propagar la devoción a la Virgen de Codés.

También su hermano, al que, cuando tenía ocho años, otro muchacho «le metió un cuchillo por la garganta» y sobrevivió milagrosamente.

[10]​ Al mismo tiempo los ermitaños recibían encargos de misas que, evidentemente, suponían ingresos para el santuario.

Además se multiplicaban las limosnas y donaciones, hasta el punto de que en 1620 se acordó construir un arca para guardar el dinero y los objetos más preciosos.

La primera guerra carlista (1833-1839) se desarrolló con especial virulencia en la comarca de Estella y, en consecuencia, el santuario sufrió sus embates.

En 1837 el guerrillero liberal Martín Zurbano lo saqueó, tomó rehenes y dio fuego a la hospedería.

A finales del siglo XVI se derribó la primitiva ermita medieval y comenzó la construcción del templo actual, formado por una nave central y dos estrechas laterales.

[13]​ Estas obras habían sido realizadas gracias a las donaciones del regidor logroñés.

La Fuente de la Virgen, que se encuentra a los pies del pórtico, está datada en 1656.

[15]​ La hospedería, aneja al templo, se construyó a comienzos del siglo XVII.

Los retablos laterales, situados fuera del presbiterio, son obra de Bartolomé Calvo y están fechados en 1654.

Al igual que el principal, presentan rasgos renacentistas con innovaciones barrocas: El domingo de Pentecostés se celebra la romería principal, tal y como recuerda la expresión popular: “Por Pentecostés… ¡Todos a Codés!”.