Zúñiga es el primer pueblo navarro accediendo desde la carretera Vitoria-Estella (A-132) desde Santa Cruz de Campezo y Orbiso y el último si se accede por la NA-132-A desde Acedo.

Desde que quedase inaugurado el ramal de Estella del Ferrocarril Vasco-Navarro, Zúñiga contó con estación propia a las afueras del pueblo hasta la suspensión de la línea en 1967.

Posteriormente, el tren fue sustituido por una línea de autobús que conectaba la capital alavesa con Estella.

El actual topónimo Zúñiga surge ya en la Edad Moderna como una evolución de variantes más antiguas que se han conservado en textos medievales.

Estas variantes conservadas son Eztuniga (1102), Uztuniga (1203), Beztunica, Beztvnicha, Buztunica, Estuniga (1350) y Eztuyniga (1366).

La evolución desde estas formas antiguas al moderno topónimo se debió principalmente a un fenómeno fonético (evolución st-> ç) que fue analizado y explicado por el filólogo navarro Amado Alonso en un artículo que escribió en 1947.

El paso de esas formas antiguas al topónimo moderno habría sido producido probablemente por la sustitución del vasco por el castellano como idioma común de la localidad.

Se le suele relacionar con la palabra vasca estune, que significa 'estrechamiento, lugar estrecho', lo cual es plausible si se tiene en cuenta que el canal o valle del río Ega, a su paso por Zúñiga, sufre un notorio estrechamiento.

Caro Baroja suponía como origen la expresión iztun-aga, que significaría en lengua vasca 'lugar del estrechamiento'.

Finalmente, Mikel Belasko esboza tentativamente otra hipótesis, según la cual el topónimo podría estar formado por un nombre propio seguido del sufijo -(i)ka.

Zúñiga siguió el partido del rey Juan II contra su hijo el príncipe de Viana, por lo que sus habitantes fueron robados, rescatados y destruidos por los enemigos, en cuya consideración el rey les redujo en 1460 la cuota de 10 florines que pagaba por cada cuartel a 5 perpetuamente.

En tiempo del rey Francisco Febo, la villa envió varios privilegios originales con ciertos vecinos para presentarlos a las Cortes y al Consejo; pero habiendo sido asaltados por las gentes de Juan de Beaumont, y llevados a la fortaleza de Dicastillo, les quitaron y rompieron los privilegios.

Sus diputados se sentaban junto a los de Pamplona, Estella, Tudela, Sangüesa, Olite, Aoiz, Viana, Monreal, Tafalla, Aguilar, Cáseda, Uharte, Villaba, Mendigorria, Torralba, Lesaka, Corella y Lakuntza, y junto a los representantes de los brazos militar y eclesiástico.

En 1823, al abolir Fernando VII toda la legislación del Trienio, volvió a Navarra.

[9]​ De origen medieval, el edificio actual es gótico-renacentista con nave de dos tramos y cabecera en artesa cubierta por una bóveda estrellada y terceletes en la nave (siglo XVI).

El retablo principal es obra plateresca tardía, comenzada por Juan de Ayala, terminada por su hijo Diego, y dorada por Diego de Arteaga a comienzos del XVII.

Se caracterizan por presentar complejas composiciones con personajes de gran fuerza expresiva.

En este mismo siglo se hace el coro con bella balaustrada de motivos geométricos, y se coloca a los pies del edificio, en el exterior, una hornacina plateresca de piedra.

En el otro colateral, un retablo semejante a su simétrico y un púlpito diagonal del siglo XVI.

En la zona correspondiente a la calle Viviría, por el flanco sureste del recinto, aún puede verse un lienzo de sillarejo con una abertura para acceder a una bocacalle de la Bajera.

Más hacia el norte, un torreón cilíndrico en esquina y más arriba otro cúbico, traspasado el cual se llega al arco que da entrada a la calle Mayor.

En Zúñiga, la vía verde muestra en su recorrido la parte más montañosa y salvaje de todo el trazado navarro.

La película Tasio describe las andanzas de un personaje real, Anastasio Ochoa Ruiz (alias Tasio), carbonero libre y furtivo, nacido en Zúñiga (Navarra), en 1916 y que falleció en 1989, en el monte de Arkijas.